南京中医药大学基础医学院始建于1954年,其前身为南京中医学院基础部,1995年更名为南京中医药大学基础医学院。

学院下设中医基础理论内经、中医诊断学、中药学、方剂学、伤寒金匮要略、温病学、医古文、中国医学史与各家学说8个教研室,1个教学实验中心、1 个科研实验中心,3个特聘教授研究室,1个以岭络病研究院。学院教职员工103人,专任教师61人。 45岁以下中青年教师占教师总数的58%。其中教授、研究员30人, 副教授19人,博士生导师20人,硕士生导师15人。博士后流动站2个,一级学科博士点2个,硕、博士点涵盖了学院所有的学科。

学院享受国务院特殊津贴3人,有国家教学名师1名,国务院学科评议专家组成员1名,国家杰出青年基金获得者1人,江苏省高校教学名师1人,省名中医4人,江苏省特聘教授3人,江苏省双创人才资助对象1人、江苏省有突出贡献中青年专家3人、江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人培养人选3人、江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师培养人选3人、江苏省“333”工程第三层次培养对象4人、江苏省“六大人才高峰”资助对象3人。

学院教学科研实力雄厚,拥有国家中医药管理局中医药重点学科6个(方剂学、温病学、伤寒学、中医诊断学、临床中药学和中西医结合基础);江苏省人民政府重点学科3个(中医临床基础、方剂学、中医诊断学)。国家级精品资源共享课2门(温病学、中医诊断学),江苏省精品课程4门。主编《温病学》、《中医诊断学》、《中药学》、《临床中药学》、《医古文》、《中医学概论》等各类规划、精编教材。国家中医药管理局三级实验室、重点实验室、孟景春名中医工作室、王灿晖名中医工作室、杨进名中医工作室。学院承担了国家重点基础计划(973)课题1项,国家自然科学基金重点项目1项,每年主持国家级、省级研究课题近30项,获发明专利9项。

学院人才培养涉及专业包括中医学、中西医临床医学,学生覆盖本科生、硕士研究生和博士研究生各个层次。