南京中医药大学中医学院的办学历史悠久，可以追溯到1954年建校初期创办的有关教研组，历经南京中医学院中医系、南京中医学院基础部、南京中医药大学基础医学院、南京中医药大学中医学院·中西医结合学院等不同办学阶段，2023年11月更名为南京中医药大学中医学院，学术积淀了深厚，潜心育人，开创新中国现代高等中医教育模式的主要发源地。
学院坚持中医基础经典学科发展。现有国家中医药管理局高水平中医药重点学科3个，作为重要建设单位之一的中医学科在全国第四轮学科评估A类学科，也是江苏高校优势学科建设工程终期验收优秀学科，学科实力在全国高校中名列前茅。学院拥有从本科教育到硕博士研究生教育等各个层次的完整教育体系。设有中医学博士后科研流动站，中医学一级学科博士点以及4个二级学科博士、硕士点。
学院师资力量雄厚，名家云集，有孟景春、王灿晖、杨进、吴承玉等全国名老中医药专家传承工作室4个。获全国优秀教师1人、国家教学名师1人、全国中医药高等学校教学名师1人、享受国务院政府特殊津贴专家3人、江苏省高校教学名师2人、江苏省国医名师2人、江苏省名中医6人、江苏省有突出贡献中青年专家3人、江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人6人、江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师5人、江苏省“333”工程第三层次培养对象2人、江苏省“六大人才高峰”资助对象2人，全国老中医药专家学术经验继承工作继承人4人，第五批全国中医临床优秀人才5人。35岁以下青年教师博士学位100%。
学院围绕专业培养目标，逐步构建以“引导课程多元化、基础课程综合化、临床课程一体化、桥梁课程系统化”为特点的复合型课程体系。拥有教育部首批课程思政示范课程1门、国家级精品资源共享课2门、国家级一流课程6门、省级在线开放课程2门、首批省级一流本科课程4门，中西医基础实验教学中心是江苏省实验教学示范中心。
学院拥有3个国家中医药管理局高水平中医药重点学科（方剂学、伤寒学和温病学），江苏省中医温病学研究工程研究中心、中医热病学省部共建实验室、中医经典交叉创新研究中心、经典方剂及类方研究室、肺系病方证研究校级重点实验室、中医脑病基础研究校级重点实验室、中药性效研究校级重点实验室等各级各类科研实验室及工程研究中心7个。
学院高度重视学生的全面发展，积极为学生提供展示自我的平台。在挑战杯中国国际大学生创新大赛等科技创新大赛中，学生屡创佳绩，获国家级金奖 1 项、银奖 2 项、铜奖 2 项，省级银奖 3 项、铜奖 6 项，省级重点创新创业训练计划立项20项。40个学生集体或个人获省级以上表彰，展现了学生较强的创新能力和实践水平。农民健康百村工程等志愿服务项目直接服务群众 8 万余人次，先后荣获全国暑期 三下乡优秀团队、全国学雷锋志愿服务四个 100 先进典型 —— 最佳志愿服务项目等称号，培养了学生的社会责任感和奉献精神。
学院党组织获全国党建工作样板支部、江苏省首批高校党建工作标杆院系、江苏省高校先进党组织、江苏省“关工委”工作先进集体、校先进党组织等荣誉表彰。多名共产党员获全国高等中医药院校优秀党务工作者、全国高等中医药院校优秀辅导员、江苏省高校优秀共产党员、校优秀共产党员、校优秀党务工作者、党支部书记年度人物等荣誉称号。
学院常年承担境内外中医药教学、科研、临床人才培养等任务。在中医药需求日益增长，人们对健康的重视和中医药在全球影响力的不断提升，以及中医药现代化、国际化发展的大趋势下，学院将为中医药人才培养、科研及社会服务贡献越来越多的贡献。
