南京中医药大学中医学院·中西医结合学院的办学历史可以追溯到1954年建校初期创办的有关教研组，后历经南京中医学院中医系、南京中医学院基础部、南京中医药大学基础医学院等不同办学阶段，2019年6月更名为南京中医药大学中医学院·中西医结合学院。

学院坚持中医基础与经典学科和中西医结合学科相互支撑、协调发展。现有国家中医药管理局重点学科6个、江苏省重点学科3个。学院作为重要建设单位之一的中医学科、中西医结合学科均为全国第四轮学科评估A类学科，也均是江苏高校优势学科建设工程终期验收优秀学科。

学院拥有从本科教育到硕博士研究生教育等各个层次的完整教育体系。设有中医学、中西医结合2个博士后科研流动站，中医学、中西医结合2个一级学科博士点以及7个二级学科博士、硕士点。中西医临床医学（本博贯通培养）长学制专业、中西医临床医学专业、中医学（农村订单定向免费医学生培养计划）专业均为国家级一流本科专业。中西医临床医学专业还是江苏省高校国际化人才培养品牌专业。

学院师资力量雄厚、名家云集，现有教授（研究员）、副教授（副研究员）49人，专任教师队伍的博士学位比例达到97%。有以中国工程院院士吴以岭、国家杰出青年科学基金获得者黄熙等为代表的博士生导师15人、硕士生导师33人。有孟景春、王灿晖、杨进、吴承玉等全国名老中医药专家传承工作室4个。获全国优秀教师1人、国家教学名师1人、全国中医药高等学校教学名师1人、享受国务院政府特殊津贴专家3人、江苏省高校教学名师2人、江苏省国医名师2人、江苏省名中医5人、江苏省有突出贡献中青年专家3人、江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人6人、江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师5人、江苏省“333”工程第三层次培养对象3人、江苏省“六大人才高峰”资助对象3人、江苏省“双创博士”1人。

学院坚持以学生为中心，全面落实立德树人根本任务，面向全校各主干专业开设中医基础与经典课程、中西医结合基础课程、中西医结合临床课程以及中国医学史、医古文等文史课程。拥有教育部首批课程思政示范课程1门、国家级精品资源共享课2门、国家级一流课程2门、江苏省精品课程4门、省级在线开放课程2门、首批省级一流本科课程4门，是《中医学基础》《中医学概论》《中医诊断学》《中药学》《临床中药学》《中医临床经典概要》《温病学》《温病学说理论与实践》《伤寒论讲义》《医古文》《科研思路与方法》等各类规划教材、精编教材的主编单位。中西医基础实验教学中心是江苏省实验教学示范中心。

学院拥有中医热病学省部共建实验室、分子生物学（温病）国家中医药管理局三级实验室、经典方剂及类方研究室、肺系病方证研究校级重点实验室、中医脑病基础研究校级重点实验室、中药性效研究校级重点实验室、共病郁证研究所等各级各类科研实验室7个。目前承担厅局级及以上项目70项，其中国家级34项、部省级13项、厅局级23项。

学院在“挑战杯”“创青春”“互联网+”等科技创新大赛中，获国家级金奖1项、银奖2项、铜奖2项，省级银奖3项、铜奖6项。“农民健康百村工程”直接服务群众8万余人次，先后荣获了全国暑期“三下乡”优秀团队、全国学雷锋志愿服务四个100先进典型——最佳志愿服务项目等称号。连续多次承办全国、华东地区及全校中医药知识大奖赛，该比赛已成为在全国具有重要影响力的品牌学科竞赛。

学院党组织获全国党建工作样板支部、江苏省首批高校党建工作标杆院系、江苏省高校先进党组织、江苏省“关工委”工作先进集体、校先进党组织等荣誉表彰。多名共产党员获全国高等中医药院校优秀党务工作者、全国高等中医药院校优秀辅导员、江苏省高校优秀共产党员、校优秀共产党员、校优秀党务工作者、党支部书记年度人物等荣誉称号。

学院常年承担境外中医药教学、科研、临床人才培养等任务。